Of the verses claimed abrogated by the sword verse is
as Ibn Al-Jawzi reports,
باب ذكر ما ادعي عليه النسخ في سورة محمد صلى الله عليه وسلم. ذكر الآية الأولى: قوله تعالى "فإما منا بعد وإما فداء". فيها قولان: الأول أنها محكمة وأن حكم المن والفداء باق لم ينسخ، وهذا مذهب ابن عمر والحسن وابن سيرين ومجاهد وأحمد والشافعي. والثاني أن المن والفداء نسخ بقوله "فاقتلوا المشركين حيث وجدتموهم"، وهذا مذهب ابن جريح والسدي وأبي حنيفة. أخبرنا عبد الوهاب قال أنبا أبو الفضل بن خيرون وأبو طاهر الباقلاوي قالا أبنا ابن شاذان قال أبنا أحمد بن كامل قال حدثني محمد بن سعد قال حدثني أبي قال حدثني عمي عن أبيه عن جده عن ابن عباس "فإما منا بعد وإما فداء" قال الفداء منسوخ نسختها "فاقتلوا المشركين حيث وجدتموهم". أخبرنا ابن ناصر قال أبنا ابن أيوب قال أبنا ابن شاذان قال أبنا أبو بكر النجاد قال ابنا أبو داود السجستاني قال بنا ابن السرح قال حدثني خالد بن بزار قال حدثني إبراهيم بن طهمان عن حجاج بن الحجاج الباهلي عن قتادة "فإما منا بعد وإما فداء" قال: كان أرخص لهم أن يمنوا على من شاؤا ويأخذوا الفداء إذا أثخنوهم ثم نسخ فقال "فاقتلوا المشركين حيث وجدتموهم". أخبرنا إسماعيل بن أحمد قال أبنا عمر بن عبيد الله قال أبنا ابن بشران قال أبنا إسحاق بن أحمد قال بنا عبد الله بن أحمد قال حدثني أبي قال بنا عبد الوهاب عن سعيد عن قتادة "فإما منا بعد وإما فداء" قال: نسخ ذلك في براءة "فاقتلوا المشركين حيث وجدتموهم" قال أحمد وبنا عبد الصمد عن همام عن قتادة قال رخص له أن يمن على من يشاء منهم الفداء ثم نسخ ذلك بعد في براءة فقال "فاقتلوا المشركين حيث وجدتموهم". قال أحمد وبنا حجاج قال بنا سفيان قال سمعت السدي قال "فإما منا بعد وإما فداء" قال نسختها "فاقتلوا المشركين حيث وجدتموهم". قال أحمد وبنا معاوية بن عمرو قال أبنا أبو إسحاق عن سفيان عن ليث عن مجاهد أنه قال: هي منسوخة لا يفادون ولا يرسلون قال أحمد وبنا حجاج قال بنا شريك عن سالم عن سعيد قال: يقتل أسرى الشرك ولا يفادون حتى يثخن فيهم القتل
The claim is made by Qataada and Mujaahid (in one report) and agreed to by Ibn Jurayh, As-Suddi and Abu-Haneefa. However, Ibn Umar, Al-Hasan, Ibn Seereen, Mujaahid (in another report), Ahmad and Ash-Shaafi`i all said it was not abrogated and the pardon and ransom options remain in effect.
Neither side say why and Ibn Al-Jawzi offers no opinion. Abu-Abdillah Shu`la, in his book صفوة الراسخ في علم المنسوخ والناسخ, page 174, tells that Ad-Dhahhaak, `Ataa' and Al-Hasan have argued the reverse: that 47:4 abrogated the option to kill POWs which they said 9:5 allowed. Where did 9:5 allow killing POWs?
Shu`la also tells that the majority of exegetes have said that neither of the two verses is abrogated and that what to do with a prisoner of war is left to the ruler to decide based on what is in the best interest. I agree, but the choices do not include killing, because killing was never mentioned as an option in the Quran while the only two options God mentioned were ransom and pardon.
See also this related topic.
Who said what:For:
Ibn Abbaas (in one report, according to Ibn Al-Jawzi and Dr. Al-Ghaali),
Qataada (who said the abrogating is 8:57, wrote Dr. Zayd),
Mujaahid (in one report),
Ibn Jurayj, As-Suddi,
Sa`eed ibn Abi-`Arooba,
Ad-Dhahhaak (according o At-Tabari, wrote Dr. Zayd),
Al-Hasan and `Ataa' (according to Dr. Faaris),
Abu-Haneefa,
Al-Jassaas (according to Dr. Al-Ghaali),
Maalik, Ash-Shaafi`i and Ash-Shawkaani (implied, according to Dr. Al-Ghaali, as they allow the imaam to kill a POW or imprison him),
Ibn Salaama.
Against:
Ibn Abbaas (according to Dr. Zayd),
Ibn Umar,
Al-Hasan and `Ataa' (who said it was the other way around, according to Dr. Zayd),
Ad-Dhahhaak also said it was the other way around, according to Dr. Al-Ghaali,
Umar ibn Abdil-Azeez (according to At-Tabari, wrote Dr. Zayd),
Ibn Seereen, Mujaahid (another report),
Sa`eed ibn Jabeer (implied, according to Dr. Zayd),
Ibn Hanbal,
Ash-Shaafi`i,
Abu-`Ubayd (according to Dr. Faaris),
An-Nahhaas (according to Dr. Faaris),
Medina scholars (according to Shu`la and Dr. Faaris),
At-Tabari, Al-Baghwi and An-Nahhaas (quoted by Dr. Zayd),
Ath-Thawi and Ibn Is-haaq (according by Al-Baghwi in his book معالم التنزيل, volume 7, page 496, cited by Dr. Zayd),
As-Sutooti (in his book الدر المنتور, volume 6, pages 46-47, wrote Dr. Zayd),
Ibn Al-`Arabi (according to Dr. Al-Ghaali),
Aş-Şa`di (leaning),
Al-Jabri,
Dr. Mustafa Zayd,
Dr. Husaam Al-Ghaali,
M. Rasheed Redha, Ar-Raazi and Sayyid Qutb (according to Dr. Al-Ghaali).
Consequences:Al-Jabri, in his book لا نسخ في القرآن...لماذا؟, pages 88-89, rejects this claim and discusses many negative consequences of accepting it. Among them is human rights violations, where a POW is abused or tortured. He also points out that ill treatment of POWs can only sew the seeds of hatred in them and in their people, something which will provoke future wars, and I add, Islamophobic campaigns that may reach up to genocide.
Rejecting this claim, on the other hand, means that we learn that God wants only two ways to deal with a POW: Pardon or ransom. Both lead to his release from captivity without indignation. That is more likely to correctly portray Islam as the religion of peace it is.